Το τμήμα Γενεαλογίας του ΙΜΕ συνεργάζεται με τους φορείς εκείνους που ενδιαφέρονται να προάγουν, να συνδράμουν και να υποστηρίξουν το έργο, προσφέροντας πληροφορίες, υλικό και φιλοξενία και συμμετέχοντας στην επιτόπια ερευνητική και καταγραφική δραστηριότητα. Ιδιαίτερα τα μέλη των συλλόγων και σωματείων που συγκροτήθηκαν στη βάση της προσφυγικής καταγωγής των μελών τους, οι ΟΤΑ και τα τοπικά έντυπα δραστηριοποιούνται στην διάδοση του προγράμματος, στην συλλογή πληροφοριών και υλικού, στον εντοπισμό και την επιλογή των προσώπων για το πρόγραμμα "Μαρτυρίες" και στην ενεργητική συμβολή μέσα από το πρόγραμμα "Ιστορία Μου". Οι θεσμικές συνεργασίες βασίζονται στον αμοιβαίο σεβασμό και στα κοινά ενδιαφέροντα και συμφέροντα και δημιουργούν γέφυρες ανάμεσα στο ΙΜΕ και στις τοπικές κοινωνίες.

Οι τοπικοί φορείς ωφελούνται από τη μεταβίβαση εμπειριών και τεχνογνωσίας σχετικά με τα προγράμματα μας και οι πολίτες έχουν τη δυνατότητα να έρχονται σε επαφή με το σύνολο του υλικού που τους αφορά στον τόπο τους αφού οι συνεργάτες τηρούν ψηφιακά αντίγραφα των αποτελεσμάτων της συνεργασίας μας.